Boğaz ağrısının nedenleri farklılıklar gösterdiği gibi en önemli sebep olarak enfeksiyonları göstermek mümkündür. Enfeksiyonlar derken boğaz ağrısının nedeni olarak mikropları söyleyebiliriz. Boğaz ağrısının tedavi yöntemleri de oluşma aşamasında etkili olan mikrobun türüne göre farklılıklar göstermektedir.

Boğaz ağrısının oluşmasını virüslerin neden oldukları boğaz ağrıları ve bakterilerin neden oldukları boğaz ağrıları diye ikiye ayıracak olursak özelliksiz, olumsuz etkisi olmayan virüslerin kısa süreli boğaz ağrılarına neden olduğunu söyleyebiliriz. Bakterilerin neden oldukları boğaz ağrılarının tedavi yöntemleri ise virüslere göre farklılıklar göstermektedir. Bakterilerin oluşturduğu boğaz ağrılarının giderilmesi için o bölgenin rahatlatılması adına antibiyotik kullanımı tavsiye edilmektedir. Bu antibiyotik kullanımını kişi kendi bildiklerine göre değil uzman tavsiyesi altında gerçekleştirmelidir.